فیلم در میان گرگ‌ها داستان مارکوس رودریگویز، پسربچه ای است که در منطقه سیرا و جنگل‌های اطراف با خانواده‌اش زندگی می کند.
مارکوس در سن ۷ سالگی برای آموزش گله داری نزد یک چوپان کارکشته و معروف به نام آتاناسیو فرستاده می‌شود.
آموزش مارکوس توسط آتاناسیو به عنوان یک گله دار اگرچه سخت و طاقت فرسا است و ممکن است برای یک کودک 7 ساله پرخطر باشد اما به نظر می‌رسد مارکوس ۷ ساله به طور ذاتی علاقمندی شدیدی به طبیعت دارد. و این امر باعث می شود که مربی در آموزش به مارکوس تمام تجربیاتش را رو می کند.
بعد از مرگ آتاناسیو و گم شدن مارکوس در طبیعت، این کودک زندگی جدیدی در طبیعت آغاز می کند. به قول آتاناسیو یا طبیعت، دوستی با مارکوس را می‌پذیرد و یا اینکه او را پس زده و از بین می برد. ۱۰ سال بعد مارکوس به زندگی کنونی نه تنها عادت کرده بلکه مایل به بازگشت نیست. بسیاری در جستجوی این پسر هستند اما کسی از آن پسربچه خردسال که چندین سال پیش در جنگل‌های سیرا گم شده خبری ندارد.
